Voor sommige activiteiten die wijzigingen van natuur- en landschapswaarden teweegbrengen, is in bepaalde gebieden ('groene' gewestplangebieden, agrarische gebieden, beschermde duingebieden, internationaal beschermde natuurgebieden zoals de habitat- en vogelrichtlijngebieden) een omgevingsvergunning of melding vereist.
Het gaat vooral om de wijziging van de vegetatie en kleine landschapselementen (zoals het rooien van hagen, bomenrijen of solitaire bomen) of van het reliëf (nivelleringswerken).
Je moet hier ook rekening houden met de stedenbouwwetgeving.
Je kan een omgevingsvergunning voor natuurwerken aanvragen via het digitale omgevingsloket op https://www.omgevingsloketvlaanderen.be/